16 stycznia 1998 r. Rada Miasta Torunia podjęła jednomyślnie uchwałę o nadaniu tytułu honorowego obywatela miasta Torunia Papieżowi Janowi Pawłowi II. Jest to najwyższy dowód uznania i wyróżnienie, jakie mieszkańcy grodu Kopernika mogli przyznać osobistości o szczególnych zasługach i autorytecie.
Dla torunian, tak jak dla wszystkich Polaków Jan Paweł II jest najwyższym autorytetem moralnym i duchowym we współczesnym świecie. Radni uzasadnili swą decyzję uznaniem m.in. "dla propagowania i rozwijania ekumenicznego dialogu i porozumienia między ludźmi, narodami, wyznaniami, tak nam bliską, bo zakorzenioną w historii i tradycji Torunia, kontynuowanej współcześnie przez kościół lokalny, władze miasta, uczelnie wyższe i wspólnotę lokalną, a objawiającą się w Rozmowach Toruńskich - kontynuacji Colloquium Charitativum, otwartych wykładach, we wspólnym tworzeniu dzieł miłosierdzia - Centrum Caritas im. Matki Marii Karłowskiej itp."
Aby prosić papieża o przyjęcie tej godności, do Rzymu pojechała ponad 650 osobowa delegacja lokalnych władz, duchowieństwa, środowisk akademickich, twórczych, biznesowych i innych oraz mieszkańców Torunia i Diecezji Toruńskiej. Papież spotkał się z delegacją 19 lutego 1998 r. na specjalnej, trwającej 1,5 godziny audiencji. Działo się to dokładnie w 525 rocznice urodzin Mikołaja Kopernika, którego kopia portretu była jednym z darów od torunian. - Sprawiliście mi wielka radość tymi odwiedzinami, bo ziemia toruńska, a zwłaszcza miasto Toruń są mi znane i drogie - odpowiedział Jan Paweł II. Przybliża mi to miasto przede wszystkim postać wielkiego jego syna - Mikołaja Kopernika (...) jest on obecny w świadomości wszystkich Polaków, a zwłaszcza mieszkańców Torunia poprzez uniwersytet, który nosi jego imię. Od dzisiaj czuję się jeszcze bardziej związany z tym miastem i z wami."
Związki Jana Pawła II z Toruniem datują się jeszcze z czasów, kiedy kardynał Karol Wojtyła odwiedzał tu swą rodzinę. W 1971 r. w toruńskim kościele p.w. św. Józefa udzielił ślubu Kazimierze i Markowi Wiadrowskim Do dziś mieszkają tu dzieci i żona jego kuzyna, z którymi utrzymuje żywy kontakt.
Toruń zawdzięcza papieżowi bardzo wiele. 25 marca 1992 r. na mocy bulli "Totus Tuus Poloniae Populus" Jan Paweł II powołał diecezję toruńską, która jest kontynuatorką wielowiekowych tradycji diecezji chełmińskiej. W Zakopanem w czerwcu 1997 r. beatyfikował Matkę Marię Karłowską - założycielkę zgromadzenia Sióstr Pasterek od Opatrzności Bożej. Centrum Caritas jej imienia stanowi dar serca torunian dla papieża Polaka. Imię Jana Pawła II nosi szkoła podstawowa nr 13. Torunianie zawsze żywo uczestniczyli w papieskich pielgrzymkach. Tym razem mieli okazję gościć go w swym mieście, o którym papież miał kiedyś powiedzieć, że jest mu "po Krakowie najbliższym".